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Bei einer Unverträglichkeit von Lebensmitteln kommt es zu gleichartigen Reaktionen wie bei einer Allergie. Alle beide können sich zum Beispiel in Juckreiz, Verdauungsproblemen, Diarrhie oder Bauchschmerzen bemerkbar machen. Der wichtigste Kontrast von Allergie und Nahrungsmittelunverträglichkeit liegt in den Reaktionen des Körpers. Indes bei einer Lebensmittelallergie das köpereigene Abwehrsystem schadensbegrenzend gegen gewisse Inhaltsstoffe eines zum Verzehr bestimmten Produktes vorgeht und Immunoglobuline produziert, kommt es bei einer Unverträglichkeit fast nicht zum Eingreifen des Immunsystems. Allerdings wird vermutlich auch das Hormon Histamin ausgeschüttet, das die physischen Reaktionen hervorruft. Der konkrete Verlauf bei einer Nahrungsmittelunverträglichkeit ist jedoch noch immer nicht genau bekannt. In einigen Fällen von Unverträglichkeit fehlen dem Menschen gewisse Protein-Enzyme, so dass die Verarbeitung bestimmter Essensbestandteile gehemmt oder verhindert wird. Die schwerwiegendsten Ausprägungen von Nahrungsmittelunverträglichkeit sind Milchzuckerunverträglichkeit bzw. Laktoseintoleranz und die einheimische Sprue, weil die darunter Leidenden in diesen Fällen ihre ganzen Essgewohnheiten umstellen sollten. Das Protein Laktase ist für die Verarbeitung der tierischen Milch bzw. die Teilung der Lactose zuständig. Fehlt dem Körper dieses Enzym, kann der Milchzucker nicht abgebaut werden und bildet in der Magen-Darm-Region einen optimalen Brutplatz für aggressive Bakterien. Diese Ansiedlung von Bakterien führt letztendlich zu Übelkeit, Diarrhie sowie Blähungen. Um zu überprüfen, ob es sich hierbei um eine Laktoseunverträglichkeit oder um eine Milch-Allergie handelt, bei welcher die Krankheitsanzeichen gleichen, wird ein spezieller Allergietest gemacht. Betroffene einer Laktoseintoleranz sollten auf laktosefreie Milch zurückgreifen oder Tabletten mit dem Laktase-Enzym einnehmen. Handelt es sich tatsächlich um eine Milchallergie, so sollten die in Milch enthaltenen Eiweiße unbedingt vermieden werden. Gluten ist ein Stoff, der insbesondere in Weizen, Dinkel und überhaupt in Getreide beinhaltet ist. Demzufolge ist die Unverträglichkeit dieses Stoffes unter anderem als Weizenallergie bekannt. Ebenso geläufig sind die Betitelungen Zöliakie oder Sprue. Bei einer Klebereiweißunverträglichkeit wird die Mukosa des Magens angegriffen. Letztendlich beginnt die Verkümmerung von Microdarmzotten, welche für die Aufnahme von Vitaminen zuständig sind. Die typischen Symptome sind Abgespanntheit, Flüssigkeitsverlust, Diarrhie und Erbrechen. Als Möglichkeit für eine Besserung besteht nur der andauernde Verzicht auf bestimmte glutenhaltige Nahrungsmittel. Betroffene Personen können aber z.B. probieren auf Zea mays- , Wildreis- und andere alternative Getreidesorten umzusteigen.