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Bei einer Unverträglichkeit von Nahrungsmitteln kommt es zu vergleichbaren körperlichen Anzeichen wie bei einer allergischen Reaktion. Beide können sich etwa in einem Hautausschlag, Flatulanz, Diarrhie oder Kopfschmerzen äußern. Der wichtigste Gegensatz von Allergie und einer Unverträglichkeit besteht in den physischen Abläufen. Indes bei der Lebensmittelallergie das Immunsystem abwehrend gegen einen gewissen Stoff eines Lebensmittels vorgeht und Immunoglobuline bildet, kommt es bei einer Unverträglichkeit von Nahrungsmitteln nicht zu einer Abwehrreaktion des Immunsystems. Hierbei wird allerdings auch das biogene Amin Histamin freigesetzt, welches körperliche Abwehreffekte bewirkt. Der genaue Gang bei einer Lebensmittelunverträglichkeit ist allerdings bisher noch immer nicht vollständig bekannt. In den meisten Fällen einer Unverträglichkeit fehlen dem Körper gewisse Enzyme, wodurch die Verdauung einzelne Essensbestandteile verkompliziert oder gar unmöglich gemacht wird. Die schlimmsten Ausprägungen von Nahrungsmittelunverträglichkeit sind Milchzuckerunverträglichkeit bzw. Laktoseintoleranz und Zöliakie, da die davon Betroffenen in diesen Fällen ihre kompletten Nahrungsgewohnheiten ändern müssen. Das Laktaseferment ist für die Verdauung der tierischen Milch beziehungsweise die Teilung des Sandzuckers zuständig. Fehlt dieses Enzym, kann der Sandzucker nicht verdaut werden und bewirkt im Magen eine ideale Brutstätte für aggressive Bakterien. Diese Bakterienansiedlung führt schließlich zu Übelkeit, Diarrhie und Flatulanz. Um zu checken, ob es sich dabei um eine Unverträglichkeit oder eben um eine Allergie handelt, bei welcher sich die Anzeichen gleichen, wird ein Allergietest durchgeführt. Betroffene einer Laktoseintoleranz können auf Sojamilch zurückgreifen oder Tabletten mit Laktase einnehmen. Handelt es sich allerdings wahrhaftig um eine Milchzuckerallergie, so müssen Milchproteine vollkommen gemieden werden. Gluten ist ein Inhaltsstoff, welcher vor allem in Roggen, Dinkel und anderen Getreidesorten beinhaltet ist. Demzufolge ist die Intolerenz dieses Stoffes unter anderem als Weizenallergie bekannt. Ebenso geläufig sind die Termina Zöliakie und Sprue. Bei einer Unverträglichkeit von Klebereiweißen bzw. Gluten wird die Mukosa des Dünndarms beschädigt. Es kommt zur Rückbildung der Microdarmzotten, die für die Aufnahme von Vitaminen und Mineralstoffen verantwortlich sind. Die typischen Symptome sind Schwäche, Flüssigkeitsverlust, Diarrhie und Übelbefinden. Als Möglichkeit für eine Leidensverbesserung besteht nur ein langfristiger Verzicht auf klebereiweißhaltige Nahrungsmittel. Betroffene Menschen können jedoch probieren auf Mais- , Oryza- und andere alternative Getreidesorten auszuweichen.