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Bei einer Lebensmittelunverträglichkeit kommt es zu ähnlichen körperlichen Anzeichen wie bei einer Allergie. Beide können sich zum Beispiel in Juckreiz, einer Flatulanz, Dünnschiss oder Halsschmerzen konstatieren. Der wichtigste Gegensatz von einer Lebensmittelallergie und einer Unverträglichkeit von bestimmten Nahrungsmitteln besteht in den physischen Abläufen. Während bei einer Nahrungsmittelallergie das Immunsystem abwehrend gegen bestimmte Stoffe eines zum Verzehr bestimmten Produktes vorgeht und Antikörper bildet, kommt es bei der Lebensmittelunverträglichkeit fast nicht zum Eingreifen des Immunsystems. Hierbei wird allerdings vermutlich ebenso das biogene Amin Histamin freigesetzt, welches die körperlichen Abwehreffekte veranlasst. Der konkrete Verlauf bei einer Lebensmittelunverträglichkeit ist allerdings bisher noch immer nicht vollständig bekannt. In einigen Fällen einer Unverträglichkeit von Lebensmitteln fehlen der Person bestimmte Enzyme, so dass die Verwertung bestimmter Lebensmittelbestandteile verkompliziert oder verhindert wird. Die schlimmsten Fälle von Nahrungsmittelunverträglichkeit sind Laktoseintoleranz und die einheimische Sprue, weil die Betroffenen in einem dieser Fälle ihre kompletten Essgewohnheiten verändern müssen. Das Ferment Laktase ist für die Verwertung der tierischen Milch das heißt für die Teilung des Sandzuckers zuständig. Fehlt einem Menschen dieses Enzym, kann der Milchzucker nicht verwertet werden und bewirkt in der Magen-Darm-Region eine optimale Brutstätte für Prokaryoten. Diese Bakterienanhäufung führt dann zu Übelkeit, Dünnschiss und Flatulanz. Um zu prüfen, ob es sich um eine Laktoseunverträglichkeit oder eben eine Allergie handelt, bei welcher sich die Anzeichen gleichen, wird ein Allergietest gemacht. Betroffene einer Laktoseunverträglichkeit müssen auf Sojamilch zurückgreifen oder spezielle Laktase-Tabletten nehmen. Handelt es sich wirklich um eine Laktoseallergie, so müssen Milcheiweiße unter allen Umständen vom Speiseplan gestrichen werden. Gluten ist ein Stoff, der hauptsächlich in Roggen, Hirse und überhaupt in Getreide vorkommt. Demzufolge ist die Intoleranz unter anderem als Weizenallergie bekannt. Ebenso gibt es die Bezeichnungen Zöliakie oder Sprue. Bei einer Glutenintoleranz wird die Mukosa des Dünndarms attakiert. Es kommt zu einer Verkümmerung von Microdarmzotten, welche für die Nährstoffaufnahme zuständig sind. Typische Symptome sind Mattigkeit, Flüssigkeitsverlust, Dünnschiss und Brechreiz. Als Möglichkeit für eine Besserung besteht nur der langfristige Verzicht auf bestimmte glutenhaltige Nahrungsmittel. Betroffene Menschen können aber beispielsweise versuchen auf Zea mays- , Oryza- und andere Süßpflanzenprodukte umzusteigen.